L’Institut d’études avancées de Nantes est une fondation reconnue d’utilité publique.
Son Conseil d’administration est composé de douze membres, dont une moitié de personnalités qualifiées.
Il est présidé par Madame Johanna Rolland, maire de la ville de Nantes et présidente de Nantes Métropole.
En 2023-2024, l'Institut était dirigé par une direction collégiale composée du philosophe costaricien Luis Mora-Rodriguez (directeur), du professeur de droit camerounais Pierre-Etienne Kenfack (directeur adjoint) et de Emmanuelle Garcia (directrice exécutive).
En 2024-2025, l'Institut était dirigé par une direction collégiale composée du professeur de droit camerounais Pierre-Etienne Kenfack (directeur), de la professeure en Histoire de l'art Sophie Halart (directrice adjointe) et de Emmanuelle Garcia (directrice exécutive).
Depuis septembre 2025, l'Institut est dirigé par Sophie Halart.
La sélection des résidents est confiée à un Conseil scientifique interdisciplinaire et international présidé par le sociologue suisse Marc-Henry Soulet.