Le rôle du Conseil scientifique est d’évaluer les activités de l’Institut et de prendre une part active à la définition de ses orientations stratégiques. Il se réunit au moins une fois par an pour évaluer les candidatures reçues. C’est au directeur que revient la responsabilité de composer la future promotion en fonction de multiples critères. En dehors de ces réunions, les membres du conseil sont invités à faire connaître l’Institut, à recommander des chercheurs susceptibles d’y être accueillis, et à donner ponctuellement leur avis au Directeur.
Le Conseil scientifique de l’IEA de Nantes est composé de 9 à 12 membres désignés pour 3 ans par le Conseil d’administration, sur avis de son Directeur. Il réunit actuellement :
- Samantha Besson, Professeur de droit, Université de Fribourg, Suisse
- Alain Desrosières, Administrateur de l’INSEE et membre du centre Alexandre Koyré d’histoire et des sciences, EHESS, Paris.
- Dany-Robert Dufour, Professeur de Philosophie de l’éducation à l’Université Paris VIII.
- Rachid Filali-Meknassi, Professeur de Droit à l’Université Mohammed V Rabat-Agdal, Maroc.
- Hartmut Kaelble, Professeur au Institüte für Geschichtswissenschaften, Humbold Universität zu Berlin, RFA.
- Doulaye Konaté, Professeur d’Histoire à l’Université de Bamako et Président de l’Association des Historiens Africains, Mali.
- Shigehisa Kuriyama, Professeur d’histoire des sciences, Université de Harvard, USA.
- Ota de Leonardis, Professeur de sociologie à l’Université de Milano-Bicocca, Italie.
- Annie Montaut, Professeur de Hindi/Linguistique indienne et générale, Institut National des Langues et Civilisations Orientales (Inalco), France.
- Jean-Noël Robert, Directeur d’études de japonologie, Ecole Pratique des Hautes Etudes (EPHE), Directeur de l’Institut des Hautes Etudes de japonologie (Collège de France), Membre de l’Académie des Inscriptions et Belles-Lettres, France, Professeur au Collège de France, Chaire de Philologie de la civilisation japonaise.
- Sanjay Subrahmanyam, Professeur d’histoire, Doshi Chair of Indian History, Université de Californie à Los Angeles, USA.
- Franciscus Verellen, Directeur de l’Ecole Française d’Extrème Orient (EFEO), titulaire de la chaire "Histoire du Taoïsme", France.
Président du Conseil scientifique : Jean-Noël Robert