Le rôle du Conseil scientifique est d'évaluer les activités de l'Institut et de prendre une part active à la définition de ses orientations stratégiques. Il se réunit au moins une fois par an pour évaluer les candidatures reçues et en aviser le Directeur qui prend la décision d'en retenir certaines en fonction de multiples critères permettant d'élaborer des promotions variées. En dehors de ces réunions, les membres du conseil sont invités à faire connaître l'Institut, à recommander des chercheurs susceptibles d'y être accueillis, et à donner ponctuellement leur avis au Directeur.
Le Conseil scientifique de l'IEA de Nantes est composé de 9 à 12 membres désignés pour 3 ans par le Conseil d'administration, sur avis de son Directeur. Il réunit actuellement :
- Fethi Benslama , Professeur à l'Université Paris VII, Directeur de l'UFR Sciences Humaines Cliniques, France/Tunisie.
- Alain Desrosières . Administrateur de l’INSEE et membre du centre Alexandre Koyré d’histoire et des sciences (EHESS, Paris).
- Bernard Flusin, Professeur à l'Université de Paris IV, directeur d'études à l'Ecole Pratique des Hautes Etudes.
- Hartmut Kaelble, Professeur au Institüte für Geschichtswissenschaften, Humbold Universität zu Berlin, RFA.
- Sunil Khilnani, Professor of Politics, Director King's India Institute, King's College London, G.B.
- Ota de Leonardis, Professeur de sociologie à l'Université de Milano-Bicocca. Italie).
- Danouta Liberski-Bagnoud, Ethnologue, Directrice de recherche au CNRS.
- Charles Malamoud, Directeur d'Etudes honoraire des religions de l'Inde, Ecole Pratique des Hautes Etudes (EPHE), France.
- Annie Montaut, Professeur de Hindi/Linguistique indienne et générale, Institut National des Langues et Civilisations Orientales (Inalco), France.
- Jean-Noël Robert , Directeur d'études de japonologie, Ecole Pratique des Hautes Etudes (EPHE), Directeur de l'Institut des Hautes Etudes de japonologie (Collège de France), Membre de l'Académie des Inscriptions et Belles-Lettres, France, Professeur au Collège de France, Chaire de Philologie de la civilisation japonaise.
- Ousmane Sidibe, Professeur de droit, Université de Bamako, Mali.
- Franciscus Verellen , Directeur de l'Ecole Française d'Extrème Orient (EFEO), titulaire de la chaire "Histoire du Taoïsme", France.
Président du Conseil scientifique : Jean-Noël Robert