理事会包括创始理事、当然理事和六位贤达人士。理事会决定高研院的政策并任命院长。 理事会构成： 创始理事：
- Jean-Marc Ayrault, Député-Maire de Nantes, Président de Nantes Métropole, Président du CA de la Fondation IEA de Nantes.
- Joseph Deniaud, Président d’Harmonie Mutualité.
- Antoine Frérot, Directeur Général, Veolia Eau.
- Pierre Victoria, Directeur Adjoint de la Direction du Développement Durable de Veolia Environnement, Trésorier de la Fondation IEA de Nantes.
当然理事：
- Un représentant de l’Institut National des Sciences Humaines et Sociales (CNRS)
- Yves Lecointe, Président de l’Université de Nantes.
贤达人士：
-Katharina Biegger, Secrétaire générale adjointe, Wissenschaftskolleg zu Berlin (RFA)
- Marie-Claire Certiat, Ingénieur, Déléguée Générale de la Fondation d’Entreprise EADS (France).
- Pierre Legendre, Professeur émérite, Université Paris I (Panthéon-Sorbonne), Directeur d’études honoraire, Ecole Pratique des Hautes Etudes (EPHE), Ve section, Paris.
- Helga Nowotny , Présidente du Conseil Européen de la Recherche, Professeur émérite du Swiss Federal Institute of Technology Zurich (ETHZ).
- Yves Saint-Geours, Ambassadeur de France au Brésil, Vice-Président du CA de la Fondation IEA de Nantes.
- Arnaud Teyssier, Inspecteur général de l’administration, Professeur associé à l’Université de Paris I Panthéon-Sorbonne.
可列席并有咨议权的理事会成员：
- Françoise Thibault, chargée de mission au Ministère de la Recherche, département Sciences de l’Homme et de la Société, Direction générale de la recherche et de l’innovation, Commissaire du gouvernement.
- Alain Supiot, Professeur à l’Université de Nantes, membre de l’IUF, Directeur de l’IEA de Nantes.
- Jean-Noël Robert, Directeur d’études à l’Ecole Pratique des Hautes Etudes, Président du Conseil scientifique de l’IEA de Nantes.
- Samuel Jubé, Secrétaire général de l’IEA de Nantes.
- Joachim Nettelbeck, Secrétaire général du Wissenschaftskolleg zu Berlin, Conseiller spécial du président.
- Vincent Reina, Directeur du développement délégué, Suez Environnement, Président du Comité des donateurs.