La direction de l'Institut est assurée par Alain Supiot, assisté de Ali El Kenz, conseiller scientifique et de Soizic Lorvellec, chargée de mission.
Le secrétariat général de l'Institut est assuré par Samuel Jubé et son adjointe, Aspasia Nanaki, assisté d'un secrétariat de direction, Elisabeth Toublanc, d'une assistante aux procédures de sélection du Conseil Scientifique Marie-Pierre Jousse, d'une responsable comptabilité, Béatrice Dantec, d'un assistant-communication et logistique Hugues Roger, d'un technicien d'accueil et logistique Dimitri Bastard, d'une réceptionniste Anne-Christine Graziotin et d'un agent d'entretien Ramona Bunduc.
Les services de documentation et d'informatique sont communs avec la Maison des sciences de l'Homme Ange Guépin. Ils sont sous la responsabilité de Véronique Cohoner et Constance Cournède (documentation, en savoir plus) et de François Vincent (informatique, en savoir plus).
La direction s'appuie sur un réseau de correspondants , qui l'assistent dans sa politique scientifique.