ترتبط جامعة نانت بعلاقة قوية مع المعهد؛ وهي تدعمه من خلال تقديم المدرسين الباحثين، وتمويل كرسي جامعي. سوف يساهم اقتسام المعهد للأبنية مع دار العلوم الإنسانية أنج جيبان على تسهيل اندراج الباحثين المقيمين في الجماعة الأكاديمية لمدينة نانت؛ كما يؤدي الاستعمال المشترك لخدمات التوثيق والحاسوب إلى تسهيل إقامة علاقات يومية مع باحثي هذه المدينة.
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La Maison des Sciences de l'Homme Ange-Guépin héberge des équipes nantaises de recherche interdisciplinaires en sciences sociales et humaines, ainsi que des doctorants. La mise en commun de ressources (bibliothèque) et d'équipement (amphithéâtre, salles de conférences, caféteria) avec l'IEA permet un contact fructueux entre chercheurs étrangers invités et universitaires nantais.
L'Ecole Nationale d'Administration et la Fondation Institut d'Etudes Avancées de Nantes ont convenu que les activités scientifiques de cette dernière, et notamment l'accueil de chercheurs étrangers de haut niveau, en provenance de tous horizons géographiques et travaillant sur les questions institutionnelles, offraient des opoortunités de coopération, impliquant le monde la recherche et celui de la haute fonction publique. Cette coopétation souple pourra prendre la forme de petits groupes de travail ou de conférences plus larges ouvertes à certains élèves ou anciens élèves de l'ENA, ou envore de mise en valeur scientifique du fonds d'ouvrages du 2 avenue de l'Observatoire. Dans ce contexte, la Fondation IEA dispose d'une antenne parisienne dans les locaux de l’ENA, 2, avenue de l'Observatoire.