Les résidents permanents sont désignés par le Conseil scientifique de l'institut après expertise de leur dossier de candidature. Le rôle des résidents permanents est de proposer et d'animer la politique scientifique de l'institut. Les résidents permanents prennent une part active à l'animation de chaque promotion annuelle. Ils suscitent des candidatures et participent à la promotion de l'institut auprès de leurs collègues français et étrangers, ainsi qu'auprès des institutions et entreprises partenaires de l'IEA de Nantes. L'un des résidents permanents est désigné Directeur de l'institut par le Conseil d'administration, sur proposition de son Président. Chaque résident permanent poursuit son propre programme de recherche et participe, comme tout résident de l'IEA, aux séminaires hebdomadaires.
Actuellement, l'institut compte un résident permanent : Alain Supiot.